原辽阳协镇副总兵、陆军后卫指挥使刘应琪，任东北都司都指挥使，授正五品武德将军。原陆军后卫参谋雷老虎（朱四十），任东北都司都指挥参谋长，授正五品武德将军衔。

共领一至五卫陆军以及五万山海镇边军，守延庆州、保安州、天津州、保定府、河间府、顺天府和永平府，治天津州。

原昌平镇副总兵姜弼，随孙承宗部训练获职千户，参与了兴和、归化战役，表现良好。钦点北方都司都指挥使，授从四品宣威将军衔。原陆军左卫参谋黄鹤楼（朱二十八）任北方都司都指挥参谋长，授正五品武德将军衔。

共领六、七、八三卫陆军以及五万延绥、陕西、宁夏镇边军，守原延绥镇、宁夏镇、部分陕西镇、延安府、河套南部，治延绥镇。

原孙承宗部指挥使杜文焕，任归化都司都指挥使，授从四品宣威将军衔。原陆军中卫参谋白不平（朱十九），任归化都司都指挥参谋长，授正五品武德将军衔。

共领九、十、十一三卫陆军，以及两万宣府、大同镇边军，守归化城以南、大同、宣府两镇，治大同镇。

原密云镇参将尤世禄，随孙承宗部训练获职千户，参与了兴和、归化战役，表现良好。任西北都司都指挥使，授正五品武德将军衔。原孙承宗部副参谋长高不懂（朱五十二），任西北都司都指挥参谋长，授正五品武德将军衔。

共领十二、十三、十四、十五四卫陆军，以及两万甘肃镇边军，守原陕西行都司、临洮府和部分陕西镇，治兰州。

都督同知孙承宗则坐镇西安府，继续训练六万多新军，逐步从退居二线面临被裁撤的边军中挑选可用人员补充，最终将新军扩充到十万，做为陆军的预备役。

从具体领军人员安排上，皇帝还是充分考虑了北方几个军武世家的利益，主官基本都是由其后代充任，再辅以经验丰富的参谋人员，大大消除了在军制改革时可能会遇到的阻力。

与陆军的高级指挥人员任命瞻前顾后相比，结构很单纯且专业性非常强的海军改革就显得比较简单了。