百草殿是整个药宗占地面积最大的一个内殿，位于几座高山之间的谷地，确切的说，是由相邻的三个山谷凹地组成，除了建在一坐不高的小山上的百草殿主建筑群和分布在周围的弟子居所外，其他地方全部都是一眼望不到头的药田，这些药田并不全是露天的，根据灵草的不同特性，药田旁边常常会出现一排排低矮的屋舍，里面是培育一些喜阴灵草的地方，还有培育灵草幼苗的地方，还有一些洞穴，里面也同样种植着不同种类的灵草，除此之外，百草殿还拥有两处占地面积不小的温泉和一眼寒泉，温泉周围四季如春，非常适合灵草的生长，寒泉周围则一年四季都处于冰封状态，种植着适合在寒冷地方生长的灵草。

几乎所有仙品灵草都种在三眼泉周围的区域，这里不但守卫森严，更有层层阵法守护，即便是百草殿的弟子，也无法靠近，只有长老以上的少数人可以自由出入。

在最大的一处温泉旁，有一栋小楼，是百草殿殿主韩秀芳夫妇的家，这样的小楼，在五毒殿其实也有一座，只不过，韩秀芳更