无论是历史，还是明国人告示，都表明明国对日本绝对没有领土野心，他们的此次讨伐只是单纯的要消灭万恶的幕府政权。

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萨摩藩公开上书反对幕府，深深的刺激到了德川秀忠。

为抢得战争的主动权，赶在明国军队援军到达之前消灭奈良一带的明国军队，德川秀忠下令京都附近的幕府军队向奈良挺近，他要以一场大胜来奠定幕府不可动摇的地位。

14日，八万余幕府常备军打着红、白、青、黄、黑五种颜色的旗帜向奈良挺进。

消息不断传回京都，演变成红彤彤、黑压压一片大军行动的场面，对京都的朝廷产生着心理上的巨大震慑力。

到底是明国军队取胜，还是幕府会取胜，成了京都所有人心中最大的问号。

奈良一线的皇军也接到了日军总进攻的消息，兵力上，日军占据了很大优势，日军配备了大量的铁枪、铁炮，并且有骑兵作战，而皇军在奈良城驻防的仅仅是近卫师团的第一步兵联队和部分辎重、工程兵，总兵力不到五千。

大本营传来了最新命令，魏公公手书“近卫师团一定要取得奈良城保卫战的胜利！”

与此同时，大明皇军从各个方向向奈良运动，双方都在不断的增兵。

18日，从台湾启程经琉球到来的援军台湾警备师团第三步兵联队，台湾义勇皇协军第一联队、由福建和浙江招募的兵勇，合计12000余到达津市，旋即向奈良方向增援。

由魏公公的姐夫王有喜率领组成的“有喜支队”也在大坂成功登陆，为了粉粹日军的抵抗之心，王有喜旅团长下令对大坂进行洗劫，造成了至少两万余大坂百姓的无辜死亡。

大坂方向的明国军队严重威胁到了日军侧翼，为了争取时间，德川秀忠于24日下令攻击奈良城。

城中皇军虽兵力处于弱势，但依托奈良城墙顽强抵抗，并且拥有优良于日军的火器，致使幕府军队一直无法完成重大突破。

经数日苦战，幕府军队仍无法攻破奈良。

战火中，千年历史的唐招提寺等古建筑被毁坏。