自大凌河逃归明朝后，祖大寿的忠诚与策略在与后金（后改为大清）的对抗中展现得淋漓尽致。他不仅坚守明朝阵地，还多次与清军发生冲突，尤其是在丙子之变中，祖大寿应召入关，参与了对清军的防御。然而，关于他是否真心与清为敌，历史记载中存在分歧，有说法指出祖大寿内心顾虑沈阳家人的安全，这使得他在对抗清军时显得有所保留。
崇祯十一年（1638年），清军第五次入塞，史称戊寅之变，再次考验了祖大寿的忠诚与勇气。面对清军的侵扰，崇祯帝再次征召祖大寿入援。起初，祖大寿以防备清军为由试图推辞，但在朝廷的连续催促下，最终率军应援。在行至中后所时，遭遇清郑亲王济尔哈朗和多罗贝勒多铎所率的清军。祖大寿果断采取行动，派兵袭击多铎部，造成了清军的伤亡，这一战果对清朝来说是一个不小的打击，也是祖大寿对清军的直接反抗。
皇太极得知这一消息后，亲自率大军抵达中后所，意图与祖大寿会面，以期挽回祖大寿的心。皇太极的信函中充满了诚意，表示对祖大寿的尊重与理解，强调自己不会勉强祖大寿的去留，同时释放了明军俘虏，希望以此展示自己的诚意。然而，祖大寿并未接受皇太极的邀请，始终保持距离，未与皇太极见面，这表明他已下定决心与清为敌，扞卫明朝。
崇祯十二年（1639年），祖大寿继续在山东、北直隶一带与清军周旋，尽管并未取得显着的战果，但他坚守岗位，持续对清军构成威胁。皇太极则在这一年对锦州发起了攻击，试图瓦解祖大寿的意志，通过致书祖大寿的妻子，试图从家庭层面施加压力，促使祖大寿投降。然而，祖大寿并未因此动摇，反而派兵试图突破清军封锁，支援锦州，但遭遇失败，多名将领被俘。尽管如此，祖大寿仍旧回到锦州，坚守岗位，展现了他不屈不挠的精神。
八、再次降清
崇祯十三年（1640年），皇太极对锦州的围困策略变得更加狡猾和持久，他命令郑亲王济尔哈朗修建义州城，意图以此为基地长期围困锦州，使祖大寿无法耕种，从而削弱锦州的防御能力。五月，皇太极亲临义州视察，期间，杏山的蒙古人苏班岱等人请求归顺，皇太极随即派遣济尔哈朗等人率军迎接。祖大寿得知清军人少，决定抓住机会，命令游击戴明与松山总兵吴三桂、杏山总兵刘肇基合兵出击，与清军在杏山城西交战。双方都声称取得了胜利，但实际情况如何，历史记载模糊。
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同年七月，皇太极命令睿亲王多尔衮、肃亲王豪格围困锦州，并致书祖泽远，指责其忘恩负义，要求他劝说堂伯祖大寿归顺清朝。然而，多尔衮和豪格的围困并不严密，祖大寿仍然能够从城外获取部分补给。崇祯十四年（1641年），锦州外城的东关副总兵那木气等蒙古人预谋投降清军，祖大寿得知后，迅速剿灭了这些叛军，但锦州外城最终还是落入清军手中。
随着清军对锦州的围困加剧，祖大寿的处境日益艰难。崇祯十四年八月，得知洪承畴率领大军来援，祖大寿试图突围，但未能成功，锦州与松山两城陷入了孤立无援的状态。面对清军的长期围困，祖大寿在崇祯十五年（1642年）做出了艰难的决定，松山城破，洪承畴等被俘，其中祖大乐、祖大名、祖大成等祖家子弟被放归锦州，锦州城内粮尽，再次出现了人相食的惨状。
三月初，祖大寿先是尝试通过祖泽远与清营接触，但遭到拒绝。随后，他提出如果见到祖大乐就投降，济尔哈朗让祖大乐入城。在多次交涉后，祖大寿最终于三月初八日，率众官到济尔哈朗军营请降。皇太极在接到锦州降清的捷报后，指示除了蒙古人全部处斩外，其他人都予以保留，并要求祖大寿劝降杏山、塔山。
五月，皇太极在盛京崇政殿接见了洪承畴、祖大寿等明朝降将。面对祖大寿，皇太极表现出了宽容的态度，他说：“你上次背叛我一是为了你的主子，二是为了你的妻子儿女和宗族。我曾经对内院诸臣们说过，祖大寿一定不能死，如果以后再次投降，我也决不会杀他。事情过去就过去了，只要以后能够尽心尽力地侍奉我就可以了。”
九、晚年
祖大寿的晚年是在清朝的庇护与限制中度过的。投降清朝后，他虽被编入八旗，授汉军正黄旗总兵官，看似受到优待，但实则处于软禁状态，行动自由受限，这反映了清朝对这位两度降将的戒备心态。皇太极对祖大寿的宽待，主要在于利用他招降在宁远驻守的外甥吴三桂，以期达到不战而屈人之兵的目的。
清崇德七年（1642年，明崇祯十五年）十月，皇太极再次利用祖大寿，命他写信劝降吴三桂。祖大寿一方面按皇太极的指示写信，另一方面私下写了一封密信给吴三桂，信中透露了自己在清廷的困境，暗示吴三桂应坚守宁远，力保边疆。吴三桂在回信中表达了对祖大寿忠诚之心的赞赏，并将此事上奏崇祯帝，这显示了祖大寿与吴三桂之间深厚的亲情纽带和对明朝的忠诚。
清崇德八年（1643年，明崇祯十六年），祖大寿再次卷入政治漩涡。他向皇太极建议发兵取中后所，逮捕吴三桂的家属，以削弱吴三桂的抵抗意志，这表明祖大寿在清廷中的角色复杂，既是招降的工具，又是战略顾问。然而，同年十月，清军按照祖大寿的献计攻取中后所等三城，使得明朝在关外只剩下宁远一城，由吴三桂坚守。
清顺治元年（1644年，明崇祯十七年），清军入关，祖大寿随多尔衮军中，成为吴三桂与多尔衮沟通的桥梁。吴三桂最终引清兵入关，加速了明朝的灭亡。同年九月，南明使者左懋第、陈洪范一行来到北京，祖大寿的儿子祖泽溥也在使团中，祖大寿通过儿子传递信息，表示愿意在适当的机会为南明效力，但这并未改变历史的走向，其子祖泽溥也最终降清。
结语
祖大寿的故事是历史的一个复杂注脚，它揭示了在动荡的时代，个人选择与国家命运之间错综复杂的联系。尽管他的决策在后世看来可能饱受争议，但无可否认，祖大寿的一生是对忠诚、勇气与生存之间永恒冲突的真实写照。