不久之后，甘州高台附近的黄番部落也开始入侵边境，围攻暖泉、顺德等堡。孙思克率军前往甘州，击退了黄番部落，随后东渡黄河，与张勇会师，共同围困巩昌。当时，大将军、贝勒洞鄂久攻秦州不下，而吴三桂的援军也从四川赶来增援。孙思克率领两千兵马赴援，在秦州城西扎营，与叛军形成对峙之势。不久，王辅臣部将陈万策、马肇升投降，巴三纲逃走，清军终于收复了秦州。

孙思克与将军佛尼埒继续追击南山寇，收复了礼县、清水、伏羌等县。随后，孙思克回军巩昌，命令陈万策入城劝降守将陈台孙、陈可等人，最终收复了巩昌府十七州县。

接下来，孙思克率军收复静宁，击败了叛将李国梁。之后，他又攻打华亭，迫使叛将高鼎投降，一路进军至平凉城下，与贝勒洞鄂会师。叛军出城迎战，孙思克督军力战，八战全胜，迫使叛军挖壕沟进行防御。孙思克指挥军队不断向前推进，三次击退叛军，又攻破了泾州白起寨，俘虏了叛将李茂。

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到了康熙十五年（1676年），图海接替洞鄂统领清军。在一次侦察中，叛军突然袭击，但被孙思克击败，逐出十余里。不久，王辅臣投降，孙思克返回凉州。康熙帝为了表彰孙思克的功劳，擢升他为凉州提督，并封为一等阿达哈哈番（汉文为轻车都尉）。孙思克在虎山墩之战中受伤，请求返回本旗，但康熙帝下诏慰留。

康熙十六年（1677年），孙思克又被晋封为三等阿思哈尼哈番（汉文为男爵）。后来，面对准噶尔部的侵扰，孙思克与张勇成功将其击退。

到了康熙十八年（1679年），康熙帝命令图海率军南下四川，并制定了四道进兵的策略，孙思克与将军毕力克图出军略阳。但是，京城发生了地震，孙思克上书提出，鉴于汉中、兴安的地势险要以及粮草运输不便等问题，建议暂缓出师，等待来年春季再行军。康熙帝命学士拉隆礼到凉州斥责孙思克。尽管如此，孙思克与毕力克图还是成功地进攻了阶州，夺取了文县、成县、沔县等地。

在康熙二十年（1681年），庆阳百姓耿飞联合番族首领达尔嘉济农发动叛乱，进犯河州。孙思克与张勇联手平定了这场叛乱，再次展示了其卓越的军事才能。

四、留镇甘肃

在康熙二十二年（1683年），由于孙思克之前提出的缓师建议未被采纳而导致战局不利，清廷追论了他的责任，决定罢免他的提督之职，并剥夺了他的世职，但仍让他继续担任甘肃总兵。尽管遭受了这样的处分，孙思克依然坚守岗位，继续为国家效力。

康熙二十三年（1684年），孙思克再次被任命为甘肃提督。这一任命表明朝廷对他的能力和忠诚度仍然予以肯定。

康熙二十九年（1690年），学士达瑚与郎中桑格在出使西域归来途中，在嘉峪关外遭遇不幸，被西海部落的阿奇罗卜藏劫持。面对这一突发事件，孙思克果断采取行动，派军前往西海地区进行讨伐。在战斗中，清军斩首四百多敌人，并成功驱逐了阿奇罗卜藏。孙思克随后派遣使者质问西海诸台吉，要求他们承担责任。面对清军的强大压力，西海诸台吉感到极度恐慌，不仅抄没了阿奇罗卜藏的家产，还赔偿了清军，以此来平息事态。