宣和三年(公元1121年)正月,童贯、谭稹分兵两路,由将领王禀、刘镇等分别率领宋军,向杭州和歙州进发,打算在睦州会合后进攻起义军。
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与此同时,方腊在杭州作出分兵前进的决定:
一路由义军将领方七佛率领进攻秀州,以图北上进攻金陵(今江苏南京);
另一路由义军将领郑魔王率领,回师睦州,向婺州、衢州(今浙江衢县)、处州(今浙江丽水)等地进军。方腊自己则率领剩余起义军南下,开辟南线战场。
正月十八日,宋徽宗二次下诏招安方腊,仍未得到回应。
方七佛领兵北伐,攻下崇德县(今浙江桐乡县南部),进围杭州东北的秀州(今浙江嘉兴),并分兵进入湖州(今浙江吴兴)境内。
正月二十四日,方七佛指挥起义军强攻秀州城南门,秀州统军王子武闭城不出。
童贯指挥宋军从镇江出发,赶到苏州镇压了石生领导的起义军,随后绕过吴江,迅速赶到秀州救援,将攻城的方七佛部围困,并占领海宁和崇德,方七佛所部腹背受敌,只能回兵退守杭州。
郑魔王率领的另一路起义军攻打常山(今浙江常山)和江山(今浙江江山西南部),宋军防守薄弱,起义军很快攻占两城。
随后,起义军再次攻打信州,控制信州城外围地区。
宋朝信州守将王愈在城内采取分区布防措施,派遣宋军在韩岩、馆头、竹献等地驻扎防守,并在柳家等地设下伏兵,又派信州将领高志临以亲兵仆旗引诱进攻的起义军。
郑魔王率领的起义军迅速占领信州旁边的柳家,进而向信州发起进攻,结果中了宋军的埋伏,损失惨重。
此后,宋军逐渐占据优势,在围剿之下,方腊起义军节节败退。
宣和三年(公元1121年)四月,宋军发动总攻,七万多人的起义军全部阵亡,方腊等高级领导层尽数被俘。
八月二十四日,方腊等人全部被杀。
但起义军的残部仍在浙东等地坚持斗争,直到宣和四年(公元1122年)三月才被彻底镇压。
方腊起义虽然最终失败,但它严重撼动了北宋王朝在东南地区的统治,对北宋经济造成了重大影响,也在一定程度上结束了北宋朝廷借由“花石纲”对江浙百姓的征敛和盘剥。